Vznik rímskokatolíckej farnosti Župčany sa datuje od roku 1248, no náboženský život bol v tejto lokalite rozvinutý už podstatne skôr.
Od druhej polovice 16. storočia sa našim územím šíril protestantizmus a v roku 1660 bola farnosť zabratá protestantmi a zanikla. Pravdepodobne v roku 1696 bol kostol vrátený katolíkom a Župčany a Malý Šariš boli pripojené k farnosti Veľký Šariš, kde pôsobili rímskokatolícki duchovní až do Tökölyho povstania v sedemdesiatych rokoch 17. storočia. V priebehu nasledujúcich desaťročí sa mnohí zemepáni a s nimi aj ich poddaní vrátili späť ku katolíckej Cirkvi.
V druhej polovici 17. a v prvej polovici 18. storočia sa o rekatolizáciu Prešova a jeho okolia zaslúžila Spoločnosť Ježišova. Viedli kolégium, v ktorom vychovávali potomkov zemepánov v katolíckej viere a v okolitých dedinách vykonávali misie. Takto sa venovali dušpastierskej službe aj v svinskej doline, teda ide o obecnejší výraz pre dediny v okolí Svinnej, v ktorých susedstve ležia aj Župčany a Malý Šariš. Svedectvo o tom, že účinkovali aj v Župčanoch je informácia o existencii rekreačného domu, ktorý si tu jezuiti postavili a to pod Bielou hlinou v chotári Kláštorisko, ktorý podľa toho nesie aj názov. Neskôr sa stal tento dom kasárňami a balandou, v súčasnosti po ňom zostalo iba rumovisko. Po odchode jezuitov zostala po nich vzácna kultúrna pamiatka v podobe neskorobarokového kríža z 18. storočia, ktorý darovali miestnemu chrámu. Keď sa pôsobením jezuitov veriaci vracali späť do Cirkvi, veľkošarišská duchovná správa už nestačila svoju rozsiahlu farnosť s mnohými filiálkami spravovať, a tak bola v roku 1788 zriadená samostatná duchovná správa v Župčanoch.
Župčany spolu s Malým Šarišom boli ustanovené za farnosť 20. septembra 1806, pričom Župčany sa stali sídlom farnosti a Malý Šariš filiálkou. K filiálke patrili aj osady Cemjata, Vydumanec, Ortaše a Kvašna voda. Farnosť sa rozprestierala na 2839 ha.